Проблема в следующем:
Программа не видит второго монитора. Это связано либо с тем, что он просто не подключен (разъем DVI-D), либо подключен через переходник DVI->D-SUB. Через переходник сигнал DVI-D не проходит. Мерцание экрана происходит из-за попыток программы определить второй монитор, которого она не находит.
P.S.
У Вас старая версия данного блочка, в новых версиях есть автоопределение - запускаться игре в одно- или двух-мониторном режимах.
P.P.S.
Настройки биоса не причем, программа стартует и на настройках по умолчанию.
IDE Flash копировать можно любой доступной программой, но на диске содержится скрытый раздел, который не будет скопирован и без которого возможна нестабильная работа блока.